这一次的iQOO Neo5 SE搭载了高通骁龙870处理器，内存组合为LPDDR4X规格的运行内存+USF3.1规格的闪存，没能搭载性能铁三角组合略显遗憾，而且iQOO Neo5 S搭载的独显芯片也被阉割，所以在性能方面相对来说该机要比Neo5 S弱势一点。即便如此，iQOO Neo5 SE还是完美的适配了王者荣耀120帧，同时这款手机还用过了KPL比赛用机认证，足见该机在性能方面的实力。

而在这个存储方面，iQOO Neo5 SE共有3个版本可供选择，8GB+128GB版本，8GB+256GB版本，12GB+256GB版本，并且支持内存融合技术，尤其是搭配了增强版UFS 3.1和最高12GB+256GB存储，且支持全新HID深度碎片整理技术，在进行拷贝、下载以及安装各类应用等场景时间更短。此外，内存融合2.0可以将部分ROM空间调度给RAM使用来扩展内存，实现8GB+4GB、12GB+4GB运存效果。

经过跑分实测，iQOO Neo5 SE在安兔兔中获得了72万+的好成绩，在该价位的同类型手机中表现已算得上非常不错。同时，手机还采用三星全增强版 V6 UFS 3.1高速存储芯片，相比Neo5顺序读取速度提升约5%。并且支持全新HID深度碎片整理技术，可用更短时间拷贝、下载、安装各类应用、游戏与文档。在实际的游戏体验上，iQOO Neo5 SE游戏载入速度也比一些搭载UFS 3.0或2.1的手机要快许多。