华为Mate40搭载的是麒麟9000E 5G SoC。这款芯片为5nm工艺打造，将处理器和5G基带融于一体，在性能、能效以及晶体管密度上拥有先天优势，带来速度更快、发热更低和能效比更强的运行表现。

5G SoC已经迈入5nm时代，不过目前市面上搭载5nm移动芯片的智能手机并不多，在Mate40系列发布会上，华为正式发布了麒麟9000和麒麟9000E SoC 5G芯片，均采用了5nm工艺，其中麒麟9000E由Mate40首发。

核心架构方面，麒麟9000E CPU部分采用的是1个超大核+3个大核+4个小核的三档能效架构，最高主频可达3.13GHz，麒麟9000E采用了1 x Cortex-A77 Based 3.13 GHz + 3 x Cortex-A77 Based 2.54 GHz + 4 x Cortex-A55 Based 2.05 GHz，与麒麟9000一致。

GPU方面为22核心的Mali-G78GPU，比麒麟9000少了两颗，NPU方面为1大核+1小核，大核比麒麟9000少了一枚。其余方面保持不变，虽然后缀带「E」，但实际上麒麟9000和麒麟9000E的规格差距非常小，这种差距在日常使用中基本感知不到。