华为Mate40搭载的是麒麟9000E处理器，该处理器与麒麟9000相比，主要在CPU以及GPU上有所减配，但是麒麟9000E芯片的综合表现依然强悍，依然属于旗舰级别的芯片。麒麟9000E这颗处理器同样使用的是5nm制程工艺，相比于7纳米制程工艺性能上有着非常大的升级。其中CPU主频最高能达到3.13GHz， GPU为22核心的Mali-G78，另外还有华为资源的NPC核心，总之这颗芯片也是属于旗舰级别的水准。

从参数上，根据官方的说法，麒麟9000E相比麒麟9000，在GPU方面，从24核G78降为22核G78，双大核NPU降为一大核NPU。而从参数上来看可能并不够直观，那么就是跑分来看吧，Mate40 Pro跑分可达9065，Mate40标准版也达到了8771。这意味着什么呢?也就是说，放到日常生活中体验的话，由于两者的CPU是一样的，所以可以说用户根本感受不到性能的差异。

而对此，余承东也曾表示，因为麒麟9000的NPU和GPU性能遥遥领先同行，所以麒麟9000E的性能也明显领先同行。“用户使用时，这两个没有什么区别，性能都超出了你的使用要求。”